企業会計基準上は、金融商品に関する会計基準により、その会社がどのような保有目的かによって会計処理方法が異なります。

税務上は、売買目的有価証券に分類された有価証券の評価損益を税務上の益金・損金としますが、一般的な会社が保有している上場株は売買目的ではなく金融商品会計基準の「その他有価証券」に分類され、税務上は売買目的外有価証券とされるため、通常の評価損益は所得計算上の益金・損金としての影響はありません。
ただし、50％以上の著しい下落で回復の見込みのない一定の場合などには損金として取り扱い、簿価を切り下げることが可能なことがあります。